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時(shí)空轉錄組
Stereo-seq是(shì)國(guó)内生命科學龍頭機構華大(dà)自主研發的(de)時(shí)空轉錄組技術，該技術基于(yú)DNA納米球（DNA Nano Ball, DNB）開發，是(shì)具有高通量、超高分辨率、大(dà)視場的(de)原位全景式技術，可以(yǐ)實現同一(yī / yì ／yí)樣本在(zài)組織、細胞、亞細胞、分子(zǐ)“四尺度”同時(shí)進行空間轉錄組分析[1]。該技術通過時(shí)空芯片捕獲組織中的(de)mRNA,并通過空間條形碼（Coordinate ID, CID）還原回空間位置，實現組織原位測序，爲(wéi / wèi)深入地(dì / de)了(le／liǎo)解細胞的(de)基因表達及形态與局部環境之(zhī)間的(de)關系建立強大(dà)的(de)研究基礎[2]。
産品優勢
厘米級全景視場，定制芯片滿足不(bù)同組織需求
Stereo-seq 标準Stereo-seq 芯片大(dà)小爲(wéi / wèi)1 cm × 1 cm，同時(shí)可依據組織大(dà)小定制不(bù)同尺寸的(de)芯片。
納米級分辨率，實現亞細胞級分子(zǐ)定位
Stereo-seq 技術的(de)檢測分辨率可達到(dào)500 nm，實現對單個(gè)細胞及分子(zǐ)信息進行空間定位和(hé / huò)檢測。
Stereo-seq,實現更高的(de)分辨率和(hé / huò)捕獲率
Stereo-seq技術與已報道(dào)的(de)其他(tā)時(shí)空技術相比，在(zài)分辨率及捕獲區域等諸多方面都有重大(dà)突破。
技術流程
樣本制備
對組織樣本進行冷凍、OCT包埋和(hé / huò)切片，并将其鋪貼到(dào)時(shí)空芯片。每張芯片（1 cm × 1 cm）含有 4 × 10^8個(gè)帶空間坐标的(de)數據點，每個(gè)數據點的(de)直徑爲(wéi / wèi)220 nm，兩個(gè)數據點的(de)中心相距500 nm。
組織透化與文庫構建
時(shí)空芯片上(shàng)裝載具有空間坐标信息的(de)捕獲探針，對組織切片進行固定和(hé / huò)透化後，探針在(zài)芯片上(shàng)原位抓取組織細胞釋放的(de) mRNA 分子(zǐ)，随後進行cDNA合成與擴增。收集擴增後的(de)cDNA，作爲(wéi / wèi)模闆構建測序文庫。
測序
用華大(dà)DNBSEQ系列高通量測序儀完成測序。
數據分析及可視化
您可以(yǐ)使用時(shí)空雲平台（STOmicsCloud）在(zài)線上(shàng)進行數據分析及可視化。您也(yě)可使用Stereo-seq分析流程軟件包（SAW）自行進行數據處理獲得基因的(de)空間表達矩陣；矩陣可用于(yú)下遊個(gè)性化分析。
産品應用
STOmics®緻力于(yú)創建強大(dà)、穩定且易于(yú)使用的(de)端到(dào)端時(shí)空組學産品解決方案，以(yǐ)應對生命科學領域面臨的(de)挑戰。STOmics® 産品能讓研究人(rén)員以(yǐ)500nm的(de)超高分辨率對新鮮冷凍樣本的(de)全轉錄組、蛋白組等數據進行空間分析，進而(ér)深入探索發育、疾病發生等過程的(de)時(shí)空特異性。
時(shí)空轉錄組
時(shí)空多組學
STOmics® Stereo-seq 透化試劑套裝
STOmics®Stereo-seq 透化試劑套裝是(shì)用于(yú)摸索組織切片最佳透化時(shí)間的(de)預實驗試劑套裝。Stereo-seq芯片P（透化測試芯片）上(shàng)載有核苷酸捕獲探針，與組織切片結合後通過探針原位抓取組織内的(de)mRNA分子(zǐ)，再利用帶有熒光标記的(de)核苷酸進行cDNA合成。研究人(rén)員通過熒光顯微成像可以(yǐ)快速判斷特定組織的(de)最佳透化時(shí)間（詳細産品信息請查看附錄1）。選擇最佳的(de)透化條件，更利于(yú)mRNA捕獲，在(zài)組織移除幹淨且保持相同成像條件（包括亮度和(hé / huò)曝光等條件）的(de)情況下，以(yǐ)組織形态完整，熒光值最強且無彌散爲(wéi / wèi)最佳透化時(shí)間的(de)判斷标準。透化3min時(shí)，組織呈現同一(yī / yì ／yí)皮層亮度不(bù)均勻的(de)情況，說(shuō)明透化不(bù)充分；透化12min時(shí)，細節清晰，信号均勻，亮度最大(dà)；透化24min時(shí)的(de)信号弱于(yú)透化12min的(de)信号；因此，最佳的(de)透化時(shí)間是(shì)12min。
STOmics® Stereo-seq 轉錄組試劑套裝
STOmics® Stereo-seq 轉錄組試劑套裝是(shì)用于(yú)構建組織切片全轉錄本 3'端文庫的(de)試劑套裝。Stereo-seq 芯片 T（時(shí)空 poly-T 芯片）上(shàng)載有具有空間坐标信息的(de)捕獲探針，與組織切片結合後通過探針原位抓取組織内的(de)mRNA分子(zǐ)并進行cDNA合成。研究人(rén)員通過DNBSEQ測序和(hé / huò)STOmics®配套的(de)可視化分析工具，可獲取特定樣本超高分辨率下的(de)空間轉錄組信息。
配合使用Stereo-seq 建庫試劑盒，可獲得Stereo-seq 測序文庫。高效的(de)生化實驗流程，強大(dà)的(de)可視化分析工具，造就(jiù)了(le／liǎo)超高分辨率的(de)時(shí)空組學。
通過将多重免疫熒光（mIF）染色方法融入标準 Stereo-seq 轉錄組實驗流程中，Stereo-seq 技術可對同一(yī / yì ／yí)組織切片的(de)RNA和(hé / huò)蛋白質進行共檢測，并在(zài)單細胞分辨率水平下實現多重蛋白的(de)空間可視化。在(zài)不(bù)影響mRNA捕獲的(de)前提下，基于(yú)蛋白組圖像和(hé / huò)轉錄組數據的(de)整合分析，研究人(rén)員可更深入地(dì / de)評估樣本價值，解析複雜的(de)病理和(hé / huò)生理過程。
技術流程——超高分辨率的(de)空間轉錄組與蛋白組共檢測
生信分析工具
Stereo-seq時(shí)空組學技術爲(wéi / wèi)用戶提供多種數據分析解決方案，除雲端STOmics Cloud方案可通過用戶回傳測序數據及圖像文件，實現數據雲端分析及可視化展示之(zhī)外，線下ImageStudio+SAW+StereoMap組合方案亦可對芯片進行圖像處理、數據分析、可視化展示及結果調整等操作。
