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Stereo-seq分析流程軟件包（Stereo-seq Analysis Workflow, SAW）整合了(le／liǎo)多個(gè)Stereo-seq空間組基因表達分析工具，這(zhè)些工具可用于(yú)還原以(yǐ)及可視化測序數據在(zài)芯片上(shàng)的(de)空間表達信息。Stereo-seq原始測序數據經SAW分析後，得到(dào)可以(yǐ)用于(yú)下遊分析的(de)空間表達矩陣。

主要(yào / yāo)功能：

1. 圖像預處理

基于(yú)track線對顯微鏡的(de)小圖文件進行拼接，同時(shí)也(yě)會進行初步組織分割和(hé / huò)細胞分割。

2. 數據過濾

對低質量的(de)序列、無法比對到(dào)CID序列、無法比對到(dào)外顯子(zǐ)區域序列、多比對序列以(yǐ)及重複序列分别進行嚴格過濾篩選。

3. 獲取表達矩陣

經過數控的(de)序列最終根據比對信息，生成基因表達矩陣，同時(shí)也(yě)會生成不(bù)同bin下的(de)表達矩陣的(de)表達矩陣。

4. 圖像配準與組織分割

分割非組織覆蓋區域的(de)基因表達數據，去除背景噪音。通過圖像配準以(yǐ)及組織分割，最終可準确保留下組織區域的(de)表達信号。

5. 空間聚類

該模塊基于(yú)組織分割得到(dào)的(de)表達矩陣進行細胞無監督聚類，展示不(bù)同的(de)細胞類型在(zài)空間上(shàng)的(de)分布。

SAW流程圖

SAW流程生成的(de)分析報告