技術服務

• Stereopy是(shì)一(yī / yì ／yí)個(gè)由BGI研究院研發的(de)開源的(de)python工具包，其可用于(yú)空間轉錄組學的(de)數據挖掘和(hé / huò)數據可視化。Stereopy提供了(le／liǎo)一(yī / yì ／yí)系列時(shí)空組學數據的(de)分析功能 ，包括細胞聚類、空間基因表達模式、圖像分割等，以(yǐ)滿足不(bù)同的(de)需求。同時(shí)，我們仍在(zài)緻力于(yú)提高性能和(hé / huò)計算效率。

• 主要(yào / yāo)功能

1. 更加适用于(yú)Stereo-seq時(shí)空組學數據的(de)下遊分析；

2. 支持多種空間轉錄組數據格式的(de)高效讀寫(IO)、預處理和(hé / huò)标準化；

3. 自主研發高斯平滑模型、組織和(hé / huò)細胞分割算法模型及細胞修正算法；

用Stereopy高斯平滑模型繪制的(de)艾倫腦中小鼠大(dà)腦冠狀面的(de)熱圖

檢索來(lái)與自 Retrieved from https://mouse.brain-map.org/-experiment/show/71587929 

4. 整合降維、空間聚類、細胞聚類、空間表達模式分析等各種功能；

5. 基于(yú)Stereo-seq工作流的(de)特性開發了(le／liǎo)交互式可視化功能。

Stereopy交互可視化界面

Stereopy流程圖

工作流程圖