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3,010份水稻（來(lái)自全球89個(gè)國(guó)家和(hé / huò)地(dì / de)區）代表了(le／liǎo)全球78萬份水稻種質約95%多樣性的(de)核心種質。通過全基因組重測序，每個(gè)樣本平均測序深度14X，利用重測序數據共檢測到(dào)32Mb的(de)高質量SNPs和(hé / huò)InDels。對亞洲栽培稻群體的(de)結構和(hé / huò)分化進行了(le／liǎo)更爲(wéi / wèi)細緻和(hé / huò)準确的(de)描述和(hé / huò)劃分，由傳統的(de)5個(gè)群體增加到(dào)9個(gè)，分别是(shì)東亞（中國(guó)）的(de)袖稻、南亞的(de)袖稻、東南亞的(de)袖稻和(hé / huò)現代袖稻品種等4個(gè)袖稻群體，東南亞的(de)溫帶粳稻、熱帶粳稻、亞熱帶粳稻等3個(gè)粳稻群體、以(yǐ)及來(lái)自印度和(hé / huò)孟加拉的(de)Aus和(hé / huò)香稻。

研究首次揭示了(le／liǎo)亞洲栽培稻品種間存在(zài)的(de)大(dà)量微細結構（＞100bp）變異（SVs，包括易位、缺失、倒位和(hé / huò)重複）。着重研究453個(gè)測序深度＞20X的(de)品系的(de)SVs，利用SVs構建的(de)進化樹與SNP構建的(de)進化樹類似。大(dà)量的(de)SVs可能是(shì)不(bù)同程度雜種不(bù)育和(hé / huò)XI與GJ雜種衰退的(de)遺傳基礎。同時(shí)構建了(le／liǎo)亞洲栽培稻的(de)泛基因組，包括12,770個(gè)（62.1%）核心（core）基因家族和(hé / huò)9,050個(gè)（37.9%）分散式（distributed）基因家族。發現了(le／liǎo)1.2萬個(gè)全長新基因和(hé / huò)數千個(gè)不(bù)完整的(de)新基因。核心基因比較古老，大(dà)多數的(de)新基因表現更年輕和(hé / huò)長度偏短。

最初測序3,024份水稻樣本，後來(lái)進行質控過濾掉14份，最終保留3,010份水稻樣本進行深度研究。3K RG測序數據比對到(dào)參考基因組日本晴Nipponbare上(shàng)檢泌SNPs、InDels。合并Nipponbare基因組序列和(hé / huò)無冗餘的(de)新組裝的(de)基因組序列構建泛基因組。利用測序深度＞20X，比對深度＞15X的(de)453個(gè)水稻材料進行SVs和(hé / huò)PAVs分析。

a. 基因家族PAVs

b. 泛基因組和(hé / huò)一(yī / yì ／yí)個(gè)單獨旳基因組旳組成成份

c. 基于(yú)500個(gè)随機篩選旳水稻基因組模拟泛 基因組和(hé / huò)核心基因組

d. 核心和(hé / huò)分散式基因家族比例

e. 兩個(gè)品系間基因家族平均數量差異

f. 5733主要(yào / yāo)群組不(bù)平衡基因家族特性